五年制高职学院是云南工程职业学院针对初中起点五年一贯制高职学生专设的二级学院，承担着学生综合素质及职业技能教育与培养工作。毕业后颁发国家承认全日制普通高等院校大学专科文凭。现开设学前教育、高速铁路客运乘务、工业机器人、空中乘务、口腔医学技术、医学影像技术、工程造价、汽车检测与维修技术、计算机网络技术、会计、建筑室内设计等28个专业。

五年制高职学院本着“先成人后成才”的办学理念，采取多种途径加强学生综合素质能力的培养，首创“全民礼仪”。学院与时俱进，改革创新，用全新的教育、教学理念，利用学院优质的教学资源，采用适应初中毕业学生特点的人才培养方案进行教育教学。通过思想教育，心理健康教育，安全教育，名师讲座等模块对学生进行价值观、人生观、世界观的教育和培养。将“识好歹、知进退、懂感恩、守本分、有专才”的校训贯穿于教育教学的全过程，培养以社会需要为导向，具有社会责任感、综合素质高、专业基础知识扎实、职业技能强、有可持续发展能力的高级技术技能型人才。