五年制高职学院是云南工程职业学院针对初中应届毕业生进行“3+2”贯通培养模式专设的二级学院，承担着学生综合素质及职业技能教育与培养工作。现开设建筑室内设计、口腔医学技术、新能源汽车技术、计算机网络技术、大数据与会计、机电一体化技术等16个专业。

五年制高职学院本着“先成人后成才”的办学理念，采取多种途径加强学生综合素质能力的培养，首创“全民礼仪”。学院以“学生为本”的办学宗旨，改革创新，用全新的教育、教学理念，利用学院优质的教学资源，采用适应初中毕业学生特点的人才培养方案进行教育教学。通过思想教育，心理健康教育，安全教育，名师讲座等模块对学生进行世界观、人生观、价值观的教育和培养。将“识好歹、知进退、懂感恩、守本分、有专才”的校训贯穿于教育教学的全过程，培养以社会需求为导向，具有社会责任感、综合素质高、专业基础知识扎实、职业技能强、有可持续发展能力的技术技能型人才。